當您執行 GnuPG 指令時，您也許會看到以下訊息：
gpg: Warning: using insecure memory! |
這個警告訊息是因為非 root 的使用者不能鎖定記憶體分頁。 假如一般使用者可以鎖定記憶體分頁的話，他們可能會執行導致記憶體不足(out-of-memory) 的阻絕服務攻擊 (DoS)，因此這很有可能是一個安全性的問題。 如需詳細資訊，請參考 http://www.gnupg.org/(en)/documentation/faqs.html#q6.1。
您也有可能會看到下列的訊息：
gpg: WARNING: unsafe permissions on configuration file "/home/username/.gnupg/gpg.conf" |
假如設定檔案的權限設定允許其他人讀取，就會顯示以上訊息。 假如有出現這個警示，建議您執行下列指令來更改檔案的權限設定：
chmod 600 ~/.gnupg/gpg.conf |
另一個常見的警示訊息如下：
gpg: WARNING: unsafe enclosing directory permissions on configuration file "/home/username/.gnupg/gpg.conf" |
假如含有設定檔案的目錄之權限設定允許其他人讀取它的內容，就會顯示這個訊息。 假如有出現這個警示，建議您執行下列指令來更改它的權限設定：
chmod 700 ~/.gnupg |
假如您是由先前版本的 GnuPG 升級的，您也許會看到以下的訊息：
gpg: /home/username/.gnupg/gpg.conf:82: deprecated option "honor-http-proxy" gpg: please use "keyserver-options honor-http-proxy" instead |
會出現這個警示是因為您的 ~/.gnupg/gpg.conf 檔案含有下列這一行：
honor-http-proxy |
1.0.7 以上的版本使用不同的語法，請更改為如下所示：
keyserver-options honor-http-proxy |